Il succo di frutta e/o la bevanda finita possono essere sottoposti ad un idoneo trattamento termico di stabilizzazione chimico-fisica e microbiologica. La pastorizzazione consiste nella stabilizzazione microbiologica del prodotto attraverso un trattamento termico mirato.

Una corretta pastorizzazione consente di  garantire la shelf-life del prodotto.

La carica microbica nella bevanda a base di frutta è correlata alle materie prime. I principali microrganismi contaminanti sono lieviti e muffe, ma si possono trovare anche batteri. A causa del pH inferiore a 4,5 raramente nei succhi e nei soft drinks si possono sviluppare le spore.

Le linee di pastorizzazione possono essere a piastre, a piastre tipo free flow o tubolari.

Il tipo di trattamento:

• UHT con riempimento in asettico
• Conservanti
• Hot Filling

In linea con il trattamento termico possono essere previsti:

Deareazione, che consiste nel rimuovere l'ossigeno, responsabile di fenomeni ossidativi dannosi. Nel caso dei succhi di frutta, la deareazione consente di migliorare gusto, aspetto e conservabilità del prodotto: infatti l'eliminazione dell'ossigeno previene la degradazione della vitamina C, facilita il processo di riempimento e prolunga la shelf-life del prodotto.

Omogeneizzazione, che consiste nel ridurre e standardizzare la dimensione delle particelle di prodotti fluidi, renderli più stabili e ottenere un gusto e una consistenza migliori. Aumentando la stabilità dei solidi in sospensione evita la separazione tra fase liquida e fase solida, ottenendo la riduzione dell'uso di agenti emulsionanti e di additivi.